一是农业防治。加强田间管理，开沟排水，降低田间土壤湿度，抑制土壤浅表层的菌核以菌丝形式萌发；加强杂草管理，阻断菌核病通过杂草蔓延；免耕和秸秆还田会增加田间菌核基数，在条件适宜的地区建议进行水旱轮作或深耕。

二是生物防治。结合播种施用生物防治菌(如盾壳霉或木霉菌等)腐烂土壤中的菌核，降低田间菌核数量。菌核病发生初期，采用盾壳霉、木霉菌或地衣芽孢杆菌防治，间隔7-10天，交替使用，连续防治2-3次。

三是化学防治。始花期重点保护油菜茎基部，盛花期阻断花瓣接触侵染。可选用咪鲜胺、菌核净和多菌灵等乳剂或水剂为主的药剂适时防控，注意轮换用药以避免出现抗药菌株。

四是加强统防统治。在油菜盛花期加强利用植保高效施药器械进行统防统治，将油菜菌核病重发的风险降至最低。同时注意花期施药，避免对授粉昆虫的不良影响。